FX用語 オプション取引
作品中に発生する事件は殺人事件（未遂もあり）が最も多く、その動機は多くが復讐である。主人公等の探偵達は罪を犯した犯人に対して自殺を思い留まらせようとしており、殆どの犯人は自殺をしていない。原作で実際に自殺をした犯人は現在の時点で二人だけであり（未遂は何人かおり、また犯人が別の人間に殺された事例はある）、そのことはコナンにとって大きなトラウマになっている。同じ殺人事件を扱う金田一少年の事件簿では犯人が自殺又は殺害される例が幾度かみられるが、その違いが強調される。 実際に、単行本内の作者のコメントでも「推理で自殺に追い込むなんて殺人犯と一緒じゃないか」とコメントしている
作中における探偵像
現実の日本では「探偵」は公認資格ではなく“
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”である。犯罪に付いて調べる事は法律に違反しない限り警察官以外でも可能だが、現行犯を除き「逮捕」は出来ない（現行犯であっても法律に違反する可能性がある事や危険を避ける為にも「通報」を第一に考えなければならない）。この漫画・アニメでの探偵の捉え方は日本の「探偵」ではなく、「名探偵」、即ちシャーロック・ホームズを初めとする衆に抜きんでた能力を持つ主人公としてのそれである。この為、作中世界の描写は西欧やアメリカのミステリー小説を意識したものが多く、主人公達の住んでいる架空の町の町名も西欧の探偵小説にゆかりの名称のもじりである。またこの主人公達の住む町そのものも西欧の探偵小説を強く意識したデザインがなされている。
一方でそれらの作風に現実の日本警察の描写が挟まれる事もあるが、そもそも探偵自体が日本の社会では「
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」の探偵の姿とは全く異なる存在なので現実味のある描写が描かれる際には非常にミスマッチな雰囲気となっている。特に警察と探偵が一緒に犯罪捜査している場面はあまりにも現実離れし過ぎていて荒唐無稽な雰囲気が強く醸し出される描写にならざるを得なくなっている。
作中における人間関係
推理漫画でありながら、
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の関係についての話も大きな位置を与えられている。黒の組織についての話が数話置きに挿入されるのと同じくらい、登場人物同士に着目した話が書かれている。しかし、物語が進み黒の組織の内部が明らかになるに連れて両者が混合しつつある。
登場人物の関係では殆どが、コナンを取り巻く人々や警視庁の刑事らの恋愛が問題になる。また作者自身もこの作品を「殺人ラブコメ漫画」と称している。多くの登場人物の関係が、昔からの知り合いという設定であり、人間関係を円滑に描けるようになっている。また、そのような人物間では過去の出来事に基いた挿話がしばしば行われる。対して、話が進んでから登場した人物の場合、作品の主な時間軸の中で物語が発展する為、当初からの人物とのそれに比べて関係の変化は著しく早い。この場合、例えばコナン=新一は、コナンという人格において新一や蘭を中心にした作品内の世界の中では「新しい」人物であり、少年探偵団、特に吉田歩美や灰原哀との関係において、その関係の変化のペースは早い（コナンが帝丹小学校に入学したのは通巻第10話であるが、少年探偵団結成は第36話である）。しかし、新一という人格においては、新一と蘭は幼馴染であり、既にある
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の中の「旧い」人物である。この旧い関係を起点に、新しい人物を交えて新たな関係が続々と創出されているのが、作品の大きな特徴となっている。
作中における時間軸
作中の時間はサンデー掲載時の季節を追うが、新一や蘭らはずっと高校2年生のままである。作者はこのことについて「サザエさんと同じ」とコメントしている。
特定の日付や、
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やバレンタインデー等日付が特定されるような出来事は、一回限りでしか登場しないという配慮が見られるが、初期は一部間違いもあるようで2度ほど文化祭が行われてしまっていたり、クリスマスプレゼントを贈っている回が複数回存在している（アニメ版は夏に服装が変わってしまう為に更に混乱していると思われる）。また、新一としての連絡手段は時代が進むにつれて小学生でも携帯電話を持つ時代となった現代では、初期の公衆電話やイヤリング型携帯電話などが使われなくなってしまっている。なおアニメの設定では第400話「疑惑を持った蘭」において、新一が小さくなってからまだ半年も経っていないということが初めて明言されたが、原作ではこのようなことは明言されていない。映画『探偵たちの鎮魂歌』のパンフレットによると、アニメ第400話の設定を改めて実感させるように、声優陣はまだ新一が蘭の元から居なくなって半年だという事を考えながらアフレコを行っているという。
コナンの作中では連載当初から警察官が手帳型の警察手帳を使っているが、現実世界では2002年10月1日から警察手帳が新しくなりバッジ型に変わった。そのため、コナンでは特に説明もなく警察手帳が新型のバッジ型手帳へと変わった。また、「容疑者・毛利小五郎」の話では弁護士である妃が殺人罪の量刑を「死刑又は無期若しくは三年以上の懲役」と述べているが、2004年の刑法改正で「死刑又は無期若しくは五年以上の懲役」とされている。その話は法改正前に描かれているが、コナン世界での法律が日本の法律改正とどう連動されているかは未知数である。前述の警察手帳の変更などを考えると、コナン世界でも法律が改正させれている可能性もある。少なくとも、日本国憲法の条文を述べるなど、日本の法律が適用されている世界であると推定される。
また、原作においては、コミックス58巻収録の「赤井の過去」の話の時点で、10億円強奪事件（コミックス2巻収録「行方不明の男」?「悪魔のような女」、アニメ第128話「黒の組織10億円強奪事件」）で宮野明美が殺されてからまだ数ヶ月しか経っていないことが明かされている。
作中で使用される言葉
少年漫画でありながら、
不用品回収
が理解できるとは思えない言葉や情景が描かれていることが多い。
例を挙げると、ある事件の解明シーンで使用された「色情魔」という言葉やジンとベルモットの肉体関係を暗示する情景の映写などがあり、この作品が大人向けでもあると言われる要因の一つとなっている。これらはテレビアニメ化される際修正もしくはシーン自体が削除されるケースが多く、前述の「色情魔」は「浮気男」に修正、ジンとベルモットの間柄についてのシーンは削除されている。この他
粗大ごみ
でよく使われる「死体」というセリフも、アニメでは「遺体」に変更されている。
他作品とのリンク
作中には、青山剛昌の他作品のキャラクターが出演することがある。最も有名なのは『まじっく快斗』の怪盗キッドで、もはやレギュラーと言える存在になっている。同作品からは黒羽盗一、中森銀三、白馬探、中森青子といった人物も各々主要な役で出演しており、アニメ版ではそれに加え寺井黄之助、小泉紅子、桃井恵子といった人物も登場している。
「YAIBA」に関しては、こちらを参照のこと。その他、『4番サード』の長島茂雄と稲尾一久がコナンたちが観戦しに行った夏の甲子園決勝戦に登場した。また、「夏のサンタクロース」は、コナンと蘭が見に行った映画として、題名だけ出ている。
これ以外にサンデーやコロコロコミックの企画によるOVAでの共演もある（後述）。
新一の身体を毒薬・APTX4869で小さくしたジンやウォッカが所属する国際的犯罪組織。
APTX4869（アポトキシン4869）
黒の組織が新開発した検死しても体内から検出されない毒薬。まだ試作段階で、薬の副作用により偶発的に身体を幼児化させることがある（その際、服用者は死亡しない）。開発者の灰原曰く動物実験段階でたまに幼児化するマウスがいたとのこと。「アポトキシン」の「アポ」とは「アポトーシス」のことであり、プログラム細胞死を利用した薬らしい。
組織の者により4869をもじり「シャーロック」、「出来損ないの名探偵」という俗称があった。
身体が幼児化している者が風邪にかかっている状態で「白乾児」を飲むと一時的に元の身体に戻る現象がある。
白乾児（パイカル）
アンチAPTX4869効果を持つ（これ自体は作中設定で現物とは異なる）中国の強い酒。作中で何度か話題に出ており、そのいずれもが服用者が風邪気味状態の時に使用されている。風邪状態でなければいけないのか（作中では免疫抗体が出来たということになっている）、コナンの場合二度目には効果がなかった。灰原が白乾児の成分を参考に一時的な解毒剤（試作品）を開発した。
道具
以下の物は全て、協力者である阿笠博士が探偵としてのコナンを助ける為に開発した発明品。
腕時計型麻酔銃
スイッチを押すと麻酔針が飛び出す。針は1本しか収納出来ない。主に小五郎などを眠らせて推理をする時や、犯人逮捕をする際に使用する。麻酔は、首等に当たるとほぼ瞬間的に効果が現れるが、服等を介すると効果が現れるまで少々時間がかかる。キーケースなど、無生物に命中すると針はそのままだが、生物に命中するとほぼ瞬間的に消滅する映写があり、メカニズムについては不明。原作者曰く「（麻酔針は）地球に優しい素材で出来ている」。懐中電灯並みの明るさを持つライトも内蔵されており、麻酔銃がないものは少年探偵団員も所有する。